わかばちゃんの協力によっていろいろ判明したので。
以下本文
jigブラウザがiframeを表示させる際、src内のURLに文字実体参照化した「&」が含まれると、「&」と解釈せず、「&」のままのURLにアクセスしてしまいます。
例:
<iframe src="./index.php?a=1&b=2" width="100" height="100">noframe</iframe>
本来は ./index.php?a=1&b=2 にアクセスすべきなのに、 ./index.php?a=1&b=2 にアクセスしてしまい、index.phpで$_GET['b']を受け取れません。
なお、少なくともjigブラウザ、jigブラウザWEBに共通して発生しているようです。